Cách chơi không đòi hỏi người chơi phải tương tác nhiều, bởi phần lớn thời gian là đọc những dòng chữ xuất hiện trên màn hình mô tả đoạn đối thoại giữa các nhân vật khác nhau xen lẫn suy nghĩ của nhân vật chính. Người chơi có thể nhập vai vào bốn nhân vật khác nhau, trong đó hai nhân vật ở phần Ef: The First Tale và hai nhân vật khác ở phần Ef: The Latter Tale. Mỗi nhân vật chính sẽ cặp với một nữ chính, và mỗi cốt truyện trong phiên bản gốc trên máy tính bao gồm cảnh người lớn với nội dung tình dục.[1] Những cảnh này được loại bỏ và chỉnh sửa trên phiên bản dành cho PlayStation 2.

Một yếu tố quan trọng có trong Ef: A Fairy Tale of the Two đó là người chơi chỉ có thể tương tác khi đến "điểm quyết định" thường xuất hiện và có vài lựa chọn được đưa ra. Các "điểm quyết định" này thường thay đổi và xuất hiện không đều đặn, có thể cách nhau ít phút hoặc lâu hơn. Trong khi người chơi đang phân vân giữa các lựa chọn, visual novel sẽ dừng lại chờ cho đến khi người chơi đưa ra quyết định, sau đó cốt truyện sẽ tiến triển theo một hướng nhất định. Có bốn cốt truyện mà người chơi có cơ hội được trải nghiệm, mỗi cốt truyện dành cho từng nữ chính. Các cốt truyện diễn ra theo hướng liên tiếp. Trò chơi có thể kết thúc sớm nếu người chơi chọn sai lựa chọn, người chơi buộc phải quay lại điểm đã lưu để chọn lựa chọn khác.

Trong series Ef, Minori đã tạo trải nghiệm giống như phim, sử dụng nhiều đồ hoạ máy tính hai chiều từ nhiều góc độ khác nhau. Thay vì minh hoạ nhân vật chính diện và nằm ở giữa màn hình hay ở chính giữa góc nhìn của người chơi, các nhân vật trong Ef xuất hiện từ phía rìa màn hình hoặc xuất hiện gần hơn trong các ảnh vẽ "sự kiện". Những loại ảnh vẽ này xuất hiện ở một số thời điểm trong trò chơi và có ý nghĩa nghệ thuật và chi tiết hơn những ảnh vẽ bình thường.